Υπάρχουν αρκετοί διαφορετικοί λεκέδες που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την απεικόνιση και τη φωτογράφηση του DNA αφού το υλικό διαχωριστεί με ηλεκτροφόρηση πηκτής. Μεταξύ των πολλών επιλογών, αυτά τα πέντε στελέχη είναι η πιο κοινή αρχή με το βρωμιούχο αιθίδιο, το οποίο είναι το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο. Όταν εργάζεστε με αυτή τη διαδικασία, είναι σημαντικό όχι μόνο να γνωρίζετε τις διαφορές μεταξύ των στελεχών αλλά και τους εγγενείς κινδύνους για την υγεία.
01 Βρωμιούχο αιθίδιο
Το βρωμιούχο αιθίδιο είναι πιθανόν η πιο γνωστή βαφή που χρησιμοποιείται για την απεικόνιση του DNA. Αυτή η βαφή μπορεί να χρησιμοποιηθεί στο μίγμα γέλης, στο ρυθμιστικό διάλυμα ηλεκτροφόρησης ή για να λεκιάσει το πήκτωμα μετά την εκτέλεση του. Μόρια της βαφής προσκολλώνται σε ίνες DNA και φθορίζουν υπό υπεριώδες φως, δείχνοντάς σας ακριβώς πού βρίσκονται οι ζώνες εντός του πηκτώματος. Παρά το πλεονέκτημά της, το μειονέκτημα είναι ότι το βρωμιούχο αιθίδιο είναι πιθανό καρκινογόνο, οπότε πρέπει να αντιμετωπιστεί με μεγάλη προσοχή. Λόγω των πιθανών κινδύνων για την υγεία από τη χρήση αυτού του πηκτώματος, έχουν βρεθεί εναλλακτικές λύσεις. 02 SYBR Gold
Η βαφή SYBR Gold μπορεί να χρησιμοποιηθεί για κηλίδες διπλού ή μονόκλωνου DNA ή για χρώση RNA. Το SYBR Gold ήταν μια από τις πρώτες εναλλακτικές λύσεις για το βρωμιούχο αιθίδιο που έπληξε την αγορά και θεωρήθηκε πιο ευαίσθητη από το βρωμιούχο αιθίδιο. Η χρωστική ουσία εμφανίζει 1000 φορές μεγαλύτερο φθορισμό υπεριώδους ακτινοβολίας μόλις συνδεθεί με νουκλεϊνικά οξέα. Εν συνεχεία διεισδύει πηκτές πηκτής αγαρόζης με παχύ και υψηλό ποσοστό και μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε πηκτές φορμαλδεΰδης. Επειδή ο φθορισμός του μη δεσμευμένου μορίου είναι τόσο χαμηλός, δεν απαιτείται απόχρωση. Οι κάτοχοι άδειας Molecular Probes έχουν επίσης (από την έναρξη του SYBR Gold) αναπτύσσουν και εμπορεύονται SYBR Safe και SYBR Green, οι οποίες αποτελούν ασφαλέστερες εναλλακτικές λύσεις για το βρωμιούχο αιθίδιο.
03 SYBR Πράσινο
Οι λεκέδες SYBR Green I και II (και πάλι, που διατίθενται στο εμπόριο από την Molecular Probes) βελτιστοποιούνται για διαφορετικούς σκοπούς. Επειδή δεσμεύονται στο DNA, εξακολουθούν να θεωρούνται πιθανές μεταλλαξιογόνες ουσίες και γι 'αυτό θα πρέπει να αντιμετωπίζονται με προσοχή. Το SYBR Green I είναι πιο ευαίσθητο για χρήση με δίκλωνο DNA, ενώ το SYBR Green II, από την άλλη πλευρά, είναι καλύτερο για χρήση με μονόκλωνο DNA ή RNA. Όπως και η δημοφιλής χρώση αιθιδικού βρωμιδίου, αυτοί οι εξαιρετικά ευαίσθητοι λεκέδες φθορίζουν υπό υπεριώδες φως. 04 SYBR Ασφαλής
Το SYBR Safe σχεδιάστηκε για να είναι ασφαλέστερη εναλλακτική λύση για το Βρωμιούχο Αιθίδιο και άλλους λεκέδες SYBR. Δεν θεωρείται επικίνδυνο απόβλητο και μπορεί γενικά να απορρίπτεται μέσω των συνηθισμένων συστημάτων αποχέτευσης (δηλ. Κάτω από την αποχέτευση), επειδή οι δοκιμές τοξικότητας δείχνουν ότι δεν υπάρχει οξεία τοξικότητα. Η δοκιμή επίσης δείχνει ότι υπάρχει μικρή ή καθόλου γονιδιοτοξικότητα στα κύτταρα εμβρύου συριακού χάμστερ (SHE), ανθρώπινα λεμφοκύτταρα, κύτταρα λεμφώματος ποντικού και στη δοκιμή AMES. Ο λεκές μπορεί να χρησιμοποιηθεί με ένα διαυγαστηριαστή μπλε-φωτός που προκαλεί λιγότερη βλάβη στο DNA που είναι ορατό και προσφέρει καλύτερη απόδοση για την μεταγενέστερη κλωνοποίηση. 05 Eva Green
Η Eva Green είναι μια πράσινη φθορίζουσα βαφή που έχει βρεθεί ότι αναστέλλει την PCR σε μικρότερη έκταση από ότι άλλες βαφές. Αυτό το καθιστά πολύ χρήσιμο για εφαρμογές όπως η ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου. Είναι επίσης μια καλή επιλογή εάν χρησιμοποιείτε πηκτές χαμηλού σημείου τήξης για την ανάκτηση του DNA. Είναι πολύ σταθερό στις υψηλές θερμοκρασίες και έχει πολύ χαμηλό φθορισμό από μόνο του, αλλά είναι εξαιρετικά φθορίζον όταν συνδέεται με το DNA. Η Eva Green έχει επίσης αποδειχθεί ότι έχει πολύ χαμηλή ή καθόλου κυτταροτοξικότητα ή μεταλλαξιογένεση.